Pemberlakuan UU No 22 Tahun 1999 tentang Otonomi Daerah dan PP No 25 Tahun 2000 tentang Kewenangan Pemerintah dan Provinsi sebagai Daerah Otonom berpengaruh terhadap sektor pendidikan. Pemberlakukana otonomi daerah meniscayakan otonomi di sektor pendidikan.

Untuk menyelaraskan otonomi daerah dengan otonomi di sektor pendidikan pengelolaan pendidikan diarahkan pada manajemen berbasis sekolah (MBS). Konsep kebijakan ini dirumuskan sebagai model manajemen yang memberikan otonomi lebih besar kepada warga sekolah (guru, kepala sekolah, orang tua, dan masyarakat) untuk meningkatkan mutu sekolah berdasarkan kebijakan pendidikan nasional. Kebijakan ini diharapkan dapat diterapkan di sekolah-sekolah di Indonesia.

Madrasah sebagai salah satu entitas pendidikan d Indonesia, mau tak mau harus mengikuti perkembangan pendidikan dewasa ini. Adopsi manajemen pendidikan berbasis sekolah menjadi manajemen berbasis madrasal (MBM) merupakan keniscayaan yang tak terelakkan.